1912年8月，经宋教仁从中斡旋，同盟会与统一共和党、国民共进会、国民公党合并，改组为国民党。25日，孙中山在北京举行的国民党成立大会中被选为理事长，但孙中山以“决不愿居政界，惟愿作自由国民。”，即委宋教仁为代理理事长。1913年3月，宋教仁被暗杀，袁世凯嫌疑为原凶。孙中山力主南方各省起兵反袁，称为二次革命。由于实力不足，二次革命旋即失败。孙中山被通缉，不得不再次赴日本寻求援助。1914年，孙中山在日本建立中华革命党，并两次发表讨袁宣言。中华革命党要求党员向孙中山个人绝对效忠，要按手模宣誓；并且将国民按入党时间分成等级，享有不同待遇。部份同时流亡日本的国民党员对此反对，原同盟会中重要人物如黄兴、李烈钧、柏文蔚、谭人凤等俱未有加入。1915年10月25日孙中山与宋庆龄在日本结婚。
　　袁世凯称帝失败后，孙中山重回中国。1917年，段祺瑞在张勋复辟后“再造共和”，废止了1913年选出的国会。身在上海的孙中山展开护法运动（亦称三次革命），号召国会议员一起到广州，召开国会非常会议，组织护法政府并就职为大元帅，誓师北伐。但广州护法政府逐渐由桂、滇系军人控制，孙中山实力有限，甚至出现“政令不出士敏土厂（大元帅府）”的情况。孙中山曾尝试发动兵变而未果。1918年桂、滇各系控制国会改组护法政府，以七总裁取代大元帅，孙中山被架空，被迫去职。1919年10月，改中华革命党为中国国民党。1920年，陈炯明成功击退盘踞广州一带的桂、滇系，请孙中山重回广州。次年，广州非常国会取消军政府，选孙中山为大总统（习惯上称为非常大总统)，开始第二次护法运动。孙中山就职后力主军事北伐，最终与主张暂缓军事，联省自治的陈炯明产生激烈冲突，于1922年6月爆发炮击总统府事件，孙中山离粤退居上海。
　　1921年后，孙中山在宣讲解释三民主义时，几度提及有人用世界主义反对其提倡民族主义。关于此事，后来的研究者从反对帝国主义的角度解释演讲的内容，指出反对世界主义是孙中山在他后期活动中为了宣传民族主义而进行的思想批判之一。（注：张磊：《论孙中山的民族主义》，《孙中山：愈挫愈奋的伟大先行者》，广东人民出版社1996年版，第102页。原载《北京大学学报》1957年第4期。）不过，孙中山当时回应的直接对象，并不是帝国主义，也不是泛指一般的世界主义。近年王尔敏先生的《中山先生民族主义正解》，照孙中山的演讲指其说是警戒国人不可醉心于新文化运动（注：王尔敏：《中山先生民族主义正解》，台北，中山学术文化基金会1999年版，第186页。关于孙中山回应世界主义的所指，海内外学人较少直接论及。