区别入下：
1.功能：
加工区的功能单一，仅限于产品外销的加工业务。但区内可设立少量为加工企业生产提供服务的仓储企业以及经海关核准专门从事区内货物进、出的运输企业；保税区的功能为：加工、贸易、仓储及展览。
2.退税政策：
国内原料、物料等进入加工区视同出口，海关按照对出口货物的有关规定车理报关手续，并在货物办理入区报关环节签发出口退税报关单，区外企业凭报关单出口退税联及有关凭证向税务部门办理出口退（免）税手续；
进入保税区的国内货物，必须等货物实际离境后，才能办理出口退税手续；
3.成品内销政策：
加工区销往境内区外的货物，海关按照对进口货物的有关规定办理报关手续，并按制成品征税。
保税区内销的货物，海关根据货物的实际情况，作分别处理。只有当内销成品完全由进口料件组成时，才按成品征税。
4.国内税收政策上：
国家对区内加工出口的产品和应税劳务免征增值税、消费税。
保税区内国家对应税劳务没有免税优惠。
