南北战争爆发后，相当多的黑奴自愿为自身自由而协助联邦作战，但对如何处理占领地黑奴观点上仍有所冲突。林肯一开始收回某些将军自行发布的解放黑奴命令，而此政策严厉执行则造成逃亡黑奴必须回到他们南方主子那儿，但1862年3月13日邦联政府禁止所有联邦军指挥官遣返逃亡黑奴，如此影响了《1850年逃亡奴隶法》的废除。1862年4月11日，国会宣布联邦政府将保障释放黑奴的奴隶主，所有在华盛顿的黑奴于1862年4月16日获得解放。1862年7月19日国会废止联邦领土上的奴隶制度，如此使美国最高法院于1857年《得福德·史考特诉桑福德案》（Dred Scott v. Sandford）作出的决议失去效力：此决议曾导致国会一度无权监督国土上的黑奴制度。
　　林肯曾宣称他自己没有宪法赋予的权力解放黑奴，此外，解放黑奴是种具有风险的政治行为，因为仍有部分畜奴州效忠于联邦，且战争初始的目的集中在保护联邦的完整而非解放黑奴。基于如此，这份宣言当时只是份而由林肯自己理解为以三军统帅的身份所发表的军事命令，而非由国会公布具同等地位的法案或宪法增修条文。另外有些论点认为解放奴隶宣言本身乃违宪，且是种领袖扩权指挥军队行动，而非创造新法（可参考《杨斯顿钢铁公司总统权限案》Youngstown Sheet and Tube Co. v. Sawyer, 343 U.S. 579 (1952) 其主张总统无权以三军统帅的身份掌控炼钢厂使其为韩战效力）。解放奴隶宣言也把解放黑奴的同意权让渡给联邦军队（虽然军队本身实行种族隔离），这难得的机会使将近20万多曾为奴隶的黑人受惠，也让北方人获得额外的人力资源而南方人却直到战败前几天还无法仿效。
　　林肯第一次与其内阁讨论宣言是在1862年7月，但考虑到此举对政治的种种影响（包括对联邦内的畜奴州），他觉得在发布前需要场联邦军的胜仗。在安地潭之役，联邦军队击退邦联对马里兰州的进犯后，他于1862年9月22日发布一份准备宣言，而最终的宣言则于隔年1月发布。
　　解放奴隶宣言自身受限于对奴隶制度的立即效用，仅能在联邦纳入控制下的邦联领土上生效，边界州（德拉瓦州、肯塔基州、马里兰州、密苏里州和西维吉尼亚州）的奴隶制度因其仍效忠联邦而丝毫不受影响。国务卿威廉·西华德（William Seward）曾于评论中谈到：“我们表达对奴隶制度的同情手法是解放那些我们管不著的奴隶以及奴役那些我们能解放的人们。”任何脱离联邦的州只要在宣言生效前重新加入联邦（或仅仅送他们的国会议员回华盛顿）便具有等同边际州的地位，并至少在当下能保有奴隶制度（虽然马里兰州、密苏里州和西维吉尼亚州早在1865年美国宪法第13号修正案批准解除全国奴隶制度的合法性以前，便透过内部政治运作逐步废除奴隶制度）。