第二次世界大战期间，印度尼西亚被日本侵占。二战后，印度尼西亚走向独立，建立了民族国家。然而，印度尼西亚的排华反华浪潮不但没有因印度尼西亚民族的解放而得到遏制，反而愈演愈烈，甚至演化成一系列流血的大规模的暴力活动。

　　印度尼西亚国内的反华势力由来已久。早在1911年，印度尼西亚“伊斯兰教同盟”成立伊始，就公开宣布要改善原住民商人的地位，反对华商。日本侵略印尼时，蓄意挑拔原住民与华侨之间的种族仇恨，放纵印尼人大肆抢劫与杀害华侨，使两族之间关系更加恶化，敌意更深。1945年到1950年的印度尼西亚民族独立运动期间，印尼人反华情绪不断高涨，不少华侨遭到抢掠屠杀。独立后，掌握了国家政权的印度尼西亚民族政治家视华侨经济力量为“殖民时代的残余”，更以振兴民族经济为由，以激进立法的形式，从各方面对华侨进行全面的限制和排斥。在苏加诺时代，印尼政府出台的限制、排斥华侨经济的法案达30个左右，对华商经营的国内贸易、进口企业、汽车商行、碾米业、木材业等加以限制和监督，并禁止华侨在乡村从事零售业。特别是苏加诺政府于1959年颁布的第10号总统令，明令从1960年起禁止华侨在印度尼西亚县级以下地区经商。这道法令被印尼某些地区的军事掌权者发展为不准华侨在县级以下地区居住，结果造成印度尼西亚50多万华侨失去生计，有的甚至流离失所，10多万华侨遭遣返。1965年9月30日印度尼西亚爆发的“九·三O”事件中，印尼右派军人集团在消灭印尼共产党的同时，也对无辜的印尼华侨华人进行了大规模的逮捕和屠戮(编者注：1965年 “9-30事件”后，苏哈托领导的军方将苏加诺推翻， 同时展开了规模空前的排华与大屠杀，至少有30万华人在这次血腥的排华行动中死亡。)。

苏哈托政府上台后，便下令以“支那”一词来取代“中华”，把印尼居民分为原住民和非原住民，将华人归为非原住民，并在其身份证上注上特殊记号，赤裸裸地将对华人的歧视公开化、合法化。从1966年起，苏哈托政府颁布了数十项排华反华的法令法规，主要有：关于解决华人问题基本政策的内阁主席团1967年第37号政令，关于华人问题的内阁主席团1967年第6号通告，关于华人宗教信仰及风俗习惯的 1967年第14号总统令，关于成立华人事务参谋处的1967年第15号总统令，关于华人问题统筹委员会的国家情报局长1978年第31号决定书，关于禁止华人印刷品进口、发行及买卖的商业部长1978年第286号决定书，有关向商贩发放贷款的印度尼西亚银行总裁1973年第6号通知，关于整顿华人庙宇的内政部长1985年第455-2-360号政令，关于禁止印刷与发行华人书刊及广告的新闻部长1988年第2号政令等。(新加坡《联合早报》1999年 12月7日)这些法令法规的实质，是剥夺华人作为印尼公民应享有的政治文化权利，强迫华人放弃本民族的语言、文化、宗教信仰和生活习俗。苏哈托政府的内政部、司法部甚至多次颁发专令，要求印尼华人改名换姓，彻底放弃自己的中文名字，改用印尼化的姓名。华人不得在公共场所举行庆祝华人宗教信仰和风俗习惯的各种节日活动，与中华文化有关的各项祭祀仪式和活动只能在家庭或个人的范围内进行。苏哈托政府特别压制有中华文化传统的孔教，要求华人皈依伊斯兰教或得到印尼官方承认的佛教，不许华人以孔教名义进行结婚登记。1966年5月，印尼政府下令关闭全印尼的667所华文中小学，之后，又相继关闭了全国所有的华文报纸和华人社团。从1967年起，印尼政府基本上不再批准新的华人移民入境，并不允许华侨华裔回中国大陆探亲旅游。七十年代中期，苏哈托政府连续颁布法令，对华人资本在企业中的股份比例及经营范围进行限制，禁止华人企业使用中文招牌。1987年12月，雅加达市政府命令企业的华人与华人客商都必须使用印尼语会话。在苏哈托执政的32年里，华人被排除在印度尼西亚的政治、军事、文化等职业领域以外，不能进入政府部门、军队以及国立学校工作，只能在经济领域从事工商业，或在体育界求发展。但即使是为印度尼西亚赢得世界荣誉的华裔体育明星，也常常受到印尼政府机关的歧视和种种有意刁难。

　　印尼当局所实行的这些排华政策，属于一种以血统和文化为基点的狭隘民族主义政策，从本质上说，是一种彻头彻尾的种族歧视政策。由于这种排华政策已上升为政府行为并在法律上和行政上得到实施，所以给印度尼西亚的华侨华人造成的伤害就特别严重。印度尼西亚独立后，对华人的歧视和迫害无时不有，无处不在，而且经久不息，一直没有停止过。针对华人的骚乱和暴乱，几乎成了印尼社会一个反复发作的病症。在长达半个世纪的岁月里，印度尼西亚的华人作为一个曾对印度尼西亚的开拓与发展作出过杰出贡献的少数民族并没有得到他们应该得到的尊重和保护，印度尼西亚华人的公民权、生存权乃至基本人权受到任意践踏，没有任何保障。印尼社会稍有风吹草动，印尼华人便首当其冲，成为印度尼西亚统治阶级内部各利益集团之间斗争的牺牲品，成为印度尼西亚极端民族主义者发泄不满情绪的替罪羊。可以说，印度尼西亚华人的命运史上，充满着血泪斑斑的苦难。