尽管国王亨利和约克公爵理查的支持者之间的武装碰撞之前就发生过，但玫瑰战争的主要武装冲突阶段发生在1455年和1485年之间。
　　1455年5月22日，约克公爵理查领一支小部队前往伦敦，在伦敦北面的圣艾班斯碰到赶来的亨利六世的部队。相对规模较小的圣艾班斯第一次会战是内战的第一次公开冲突。理查表面上的目的是从亨利国王身边清除"奸臣"。结果对于兰开斯特方面是败仗，他们失去了很多领袖，包括埃德蒙·蒲福。约克和他的同盟重新获得他们的地位和影响力，一时间两边似乎都为真正进行会战所震惊并尽力妥协。当亨利再次遭受精神疾病时，约克重新任摄政王，玛格利特受他保护，在理事会的决策中遭到排挤。
　　在圣艾班斯第一次会战之后，1455年的妥协获得了一些成功，而约克在理事会甚至在亨利康复后保有决定性的发言权。导致冲突的问题会快重新出现了，特别是关于亨利和玛格利特的婴儿惠斯敏斯特的爱德华还是约克公爵应该继承王位的问题。玛格利特王后拒绝接受任何剥夺她儿子的继承权的方案，而情况变得很明显只要约克公爵和他的同盟保持军事优势她只能忍受这个情形。亨利在1456年出巡前往中英格兰，玛格利特不允许他返回—因为国王和王后在中英格兰受欢迎而在伦敦变得更不受欢迎，伦敦的商人因为贸易的衰退和四处混乱而恼怒。在考文垂建立了朝廷。那时，新的萨摩塞特公爵亨利·蒲福接了他父亲的班，成为朝廷上的宠臣。玛格利特也说服亨利解除约克作为摄政王的职位，而约克自己被迫返回在爱尔兰的据点。首都的动乱和南海岸线的海盗活动加剧了，而国王和王后仍然致力于保护他们的地位，王后为此第一次在英格兰引入了征兵制。同时，约克的同盟，沃里克伯爵(绰号“国王制造者”)，在伦敦作为商人阶级的卫士越来越受欢迎。
　　1459年9月23日，随着约克从爱尔兰归来，冲突开始继续，在斯塔福德郡(Staffordshire)发生的布洛希思战役(Battle of Blore Heath)中，一支兰开斯特家族的大部队没能阻止萨尔斯勃里勋爵(Lord Salisbury)理查·奈维尔(Richard Neville)带领下的一支约克家族的部队从约克郡的米德勒姆城堡(Middleham Castel)出发并在鲁德娄城堡(Ludlow Castle)和约克会师。在兰开斯特家族在路孚德桥战役(Batlle of Ludford Bridge)中胜利之后，三月伯爵爱德华(约克的长子，后来成为爱德华四世)，萨尔斯堡，和沃里克逃往加来(Calais)。兰开斯特家族恢复了完全的控制，萨摩塞特被任命为Calais的总督。他驱除沃里克的企图被轻易挫败了，约克家族甚至开始在1459–60年从加来发起对英格兰海岸的几次突袭，加剧了混乱和动荡的气氛。
　　到1460年，沃里克等人准备好发起对英格兰的侵入，并很快在肯特和伦敦建立据点，在那里他们有广泛的支持。得到一个教皇代表的支持后，他们向北进军。亨利率军向南迎击，而玛格利特和爱德华王子留在北方。1460年7月10日的北安普敦战役(Battle of Northampton)对于兰开斯特家族是灾难性的。沃里克伯爵理查·奈维尔带领的约克军队，在兰开斯特家族的叛军的帮助下，抓住了亨利国王并作为俘虏带往伦敦。