但是，神圣罗马帝国的统治完全是中世纪式的，皇帝没有实权，实际权利掌握在300多个大小领主手中，（对此法国著名启蒙思想哲学家伏尔泰曾有如下评价：“神圣罗马帝国既非神圣，也非罗马，更非帝国。”）所以它的统治是很分裂的。各地领主完全自治，拥有自己的军队，朝廷，甚至有收税的权力。一位商人走200公里，竟然需要交13次税！这种制度严重足碍了帝国的工商业发展。而且,教皇在此也有很大权力，著名的“什一税”就是教皇的发明。由于神圣罗马帝国借助教会来宣扬自己的神圣性，它对教会也负有义务，因此多少受到教会制约。虽然其中也有个别皇帝凭借自身能力遇魅力和迫使教会就范，但也是表面与暂时的。总而言之，这个帝国的国力是很差的。
另外在“30年战争”后，帝国被其他国家分成300多小国，沦为二流国家。
