公元前３世纪已有文字记载。６─１３世纪建立吉尔吉斯汗国。１５世纪后半叶吉尔吉斯民族基本形成。１６世纪受沙俄压迫，自叶尼塞河上游迁居至现居住地。１９世纪前半叶，东部和南部大部分地区属于中国新疆，西部属浩罕汗国。
1864年10月7日，俄国胁迫清政府签订中俄勘分西北边界条约，强行割让新疆西部44万平方公里领土，其中就包括现今吉尔吉斯斯坦的大部分领土，至此，吉尔吉斯全部领土划归俄国。
１９１７年１１月-１９１８年６月建立苏维埃政权。根据中亚民族国家的划分，１９２４年１０月１４日成为俄罗斯联邦的一个自治州，名为卡拉－吉尔吉斯自治州。
１９２５年５月２５日称吉尔吉斯自治州。 １９２６年２月１日改为吉尔吉斯苏维埃社会主义自治共和国。
１９３６年１２月５日成立吉尔吉斯苏维埃社会主义共和国，加入苏联。
１９９１年８月３１日通过国家独立宣言，宣布独立，改国名为吉尔吉斯共和国，并于同年１２月２１日加入独联体。
