在某些特殊情形下，接种某种疫苗可能弊多于利，或者疫苗会失去效力，此时就不必勉强注射。
无论接种那一种疫苗，在以下三种情况下不宜接种：1、发烧或其它需要特殊治疗的疾病，主要是担心疫苗的不适反应，可能会影响以后对病情的判断。假设一个小孩因感冒发烧到三十八度半，接种疫苗以后，晚上若烧到四十度，就难以判断这是疫苗反应或是感冒恶化。2、对于同样疫苗曾有过严重反应，所谓的严重反应，指的是可能危及生命，或者会引起永久性后遗症的反应，例如过敏性休克，这其中以百日咳疫苗的副作用特别常见。3、未接受过治疗的结核病患者，结核病特别会影响到细胞性免疫功能，所以若未经治疗时，不适于接种任何疫苗。
减毒活疫苗具有活性，这类疫苗包括：麻疹、风疹、腮腺炎、口服小儿麻痹疫苗等。这类疫苗接种后可能会出现自然感染的症状，所以应该小心，下列情况不宜接种：免疫不全或正接受免疫抑制治疗(如类固醇药物)的病患、恶性疾病者、怀孕者、严重的营养不良者、接受免疫球蛋白治疗三个月内，接受静脉注射高剂量免疫球蛋白六个月内不宜注射活性减毒疫苗。
此外，以下情况不能接种疫苗：1、有癫痫、抽风、脑炎、脊髓灰质炎等神经系统疾病病史的儿童，不能接种白百破混合制剂、乙脑及流脑疫苗。2、有心、肝、肾脏器质性疾病及活动性肺结核的病儿，应暂缓接种，等到病愈之后再行补种。3、患有急性传染病的儿童，包括正在恢复期的病儿，还有正在发热的儿童，也应缓种。
一般的小感冒，譬如咳嗽、鼻塞、流鼻水或喉头有痰时，则不在接种的禁忌内，因为婴幼儿此类小感冒是很普遍的，且都会持续一段时间，如果因此小感冒而延误了预防接种，则不但未获得预防针的好处，反而宝宝更易得到感染侵犯。
