1807年末西班牙爆发内部动乱，西班牙国王遭到人民的唾弃。拿破仑于是乘机入侵了西班牙，并让其长兄约瑟夫·波拿巴成为西班牙国王。但是这个举动遭到了西班牙人的反对，拿破仑根本无法平息当地的暴动。大不列颠及北爱尔兰联合王国在1808年介入西班牙争端，英军8月8日登陆蒙得戈湾，8月30日占领了整个葡萄牙。之后他们在当地民族主义者的支持下，逐步将法军赶出了伊比利亚半岛。法国入侵西班牙对拿破仑的政治生涯产生了挥之不去的阴影，在这次战争中法国几乎没有获得任何好处，相反却大量的损兵折将。
正当拿破仑陷入西班牙泥潭之际，1809年初第五次反法同盟组成。奥地利帝国在背后偷袭法在德国的领土，拿破仑被迫退出西班牙，率军东征。奥地利帝国军队虽然一开始取得优势，但是拿破仑很快就转败为胜，迫使奥地利帝国签订维也纳和约，再次割让土地。次年，拿破仑娶奥地利帝国公主玛丽·路易莎为妻，法奥结成同盟。
到了1811年末，法俄关系已经开始恶化，俄国沙皇亚历山大一世拒绝继续与法兰西共和国合作抗英，最后战争爆发。拿破仑率领操12种语言的50万大军进入俄罗斯。俄军采取了撤退不抵抗的战术，直到1812年9月12日法军历经博罗金诺战役（法军有7万人阵亡和重伤）后，进入莫斯科。拿破仑本以为亚历山大一世将会妥协，未料到迎接他的却是莫斯科全城的大火。而此时在国内又有人策划了一次失败的政变，令他不得不赶回法兰西帝国，最后回到法兰西帝国的只有1万人。
