当时鸦片问题逐渐成为政治性争论问题之一。道光十六年(1836年)，太常寺少卿许乃济倡“驰禁论”，请准民间贩卖吸食，使鸦片走私合法化；道光十八年(1838年)，鸿炉寺卿黄爵滋提出“严禁论”，以重治吸食为先。林则徐曾向朝廷上奏，请求严禁鸦片。未等皇上批示，就开始在全省厉行禁烟，收缴烟土、烟膏与烟具，并配制“断瘾药丸”，供人戒烟，成效卓著。随后又一道奏折，力陈烟禁特别是杜绝鸦片来源的重要性和禁烟方略，并针对反对派的驳斥强调说：“法当从严，若犹泄视之，是使数十年后，中原几无可以御敌之兵，且无可以充饷之银”，举棋不定的道光帝认识到严禁鸦片的迫切性、必要性和可能性，于是，被迫接受严禁主张，决定禁烟。十一月十五日(12月31日)，道光皇帝特命林则徐为钦差大臣赴粤查办禁烟。
　　入广州之前．林则徐先弄清广州受鸦片毒害情况，查找各家烟馆，掌握大量第一手资料，于道光十九年正月〔1839年3月〕抵广州，于二月初四(3月19日)，林则徐会同邓延桢等传讯十三行洋商，责令转交谕帖，命外国鸦片贩子限期缴烟，并具结保证今后永不夹带鸦片，他还严正声明：“若鸦片一日不绝，本大臣一日不回，誓与此事相始终，断无中止之理。”但外商拒绝交出，经过坚决的斗争，挫败英国驻华商务监督义律和鸦片贩子，收缴全部鸦片近2万箱，约237万余斤。于四月二十二日(6月3日)在虎门海滩上当众销毁。道光18年11月15日，林则徐受命钦差大臣，已经来临的1839是使禁烟史上最重要的一年，对林则徐一生来说是最辉煌的岁月。
　　在查禁鸦片时期，林则徐曾在自己的府衙写了一幅对联：“海纳百川有容乃大，壁立千仞无欲则刚 ”这幅对联形象生动，寓意深刻。上联谆谆告诫自己，要广泛听取各种不同意见，才能把事情办好，立于不败之地；下联砥砺自己，当官必须坚决杜绝私欲，才能像大山那样刚正不阿，挺立世间。林则徐提倡的这种精神，令人钦敬，为后人之鉴。
　　1839年3月10日林则徐经过两个月的旅程到达广州，成千上万的人挤满了珠江两岸，人人争睹钦差的风采。整个广州都在等待和倾听钦差大臣的声音,林则徐的回答是第二天在辕门外贴出的两张告示《收呈示稿》宣明钦差大臣到广州的目的使查办海口事件。另一个《关防示稿》无异于钦差大臣此行的第一个宣言，是采取禁烟行动的先声。这个告示是林则徐作为钦差大臣向广州官员、百姓和外国人的首次公开亮相，它不仅再次以清廉告白天下，而且是为了驾奴极其复杂的局面。林则徐的日记记载，他当天住在越华书院。
　　1839年3月18日，林则徐发布两个谕贴。3月19日下令禁止外国人离开广州。3月21日下令包围商馆。3月22日下令查拿英国鸦片贩子颠地。
　　英国驻华商务监督义律的到来，矛盾自然转移到他身上，他到达当天，林则徐下令停泊在黄浦江上的一切外国船只封舱，当天晚上封锁商馆，并且撤走一切差役和中国雇员。但是义律是一个十足的大流氓，面对林则徐的命令，出尔反尔，采取虎门销烟场景展示(福州林则徐祠堂内)无赖、讹诈、欺骗、撒谎的卑鄙手法交替使用。义律狡猾多端，但不是林则徐的对手，3月28日，向林则徐呈送了《义律遵谕呈单缴烟二万零二百八十三箱禀》。
　　从林则徐1839年3月10日到达广州，到义律3月28日被迫同意缴出全部鸦片，总共18天，这充分说明了林则徐收缴鸦片第一回合的胜利。
　　林则徐与邓廷桢等人会商后，就收缴的地点、验收、押运、存储、看管、守卫等各个环节做了无懈可击的指令和安排。
　　4月10日林则徐、邓廷桢邓亲赴虎门检查收缴前各项准备工作。
　　4月11日开始收缴，林则徐亲自监督收缴全过程。
　　5月18日，实用了34天，共收缴烟土19187箱，又2119袋，总重量1188127公斤。
　　收缴的这段日子，林则徐一刻不怠的监督这一庞杂的过程。日夜操劳，一丝不苟，无一纰漏。缴烟获得了完全的胜利，但如此巨量的鸦片如何处置，外国人推测中国可能对鸦片实行专卖，从而使鸦片买卖合法化，但他们想错了。林则徐报告道光皇帝，要求验明实物数量，然后焚毁。道光对林则徐表示了很大的信任，他让林则徐和邓廷桢、怡良等人将收缴的鸦片就地销毁。
　　6月3日，历时23天的虎门销烟，在林则徐的指挥下，向全世界宣告了中华民族决不屈服于侵略的决心。虎门销烟，是人类历史上旷古未有的壮举，虎门销烟，展示出中华民族无以伦比的伟大形象，是抗击外来侵略的胜利。林则徐，理所当然地是这一事件的组织者、指挥者和完成者。从这个意义上说，他已毫无愧色地成为历史巨人了。
　　170年前，英国是当时世界上最大的帝国主义国家。他不断的在世界各地疯狂的掠夺殖民地，还企图用鸦片打开中国的大门。
　　广州市外国烟贩子的贩毒中心。1838年广州地方政府处决一个中国的鸦片贩子，英国烟商竟然出来阻挠，激起了广州人民的义愤。1839年2月，一万多名群众到外国人民居住的旅馆前示威，声讨外国烟贩干涉中国内政的罪行。
　　1839年3月，林则徐到了广州，禁烟运动迅速展开。他一面加紧整顿海防，严拿烟贩；一面限令外国烟商交出鸦片。林则徐在给外国烟商的通知中说：“若鸦片一日未绝，本大臣一日不回。”由于林则徐坚定的态度和有力的措施，再加上人民的支持，外国烟商被迫交出鸦片2万多箱。
　　林则徐下令在虎门将鸦片公开销毁，并带领大、小官员亲自监督。他令人将鸦片放入挖好的两个大池子里，池中放入卤水，鸦片浸泡半日后，再加上生石灰，生石灰将生水煮沸，就把鸦片销毁了。经过22天，才把缴获的鸦片全部销毁。这就是举世闻名的“虎门销烟”。
　　销烟的正义行动，取得了广大人民的支持，虎门海滩每天都有上万人观看，人们无不拍手称快。外国人看到这情形，也对林则徐禁烟的果断表示钦佩。
　　虎门销烟是我国近代史上反帝斗争中的光辉一页，林则徐领导禁烟运动的胜利，是中国人民反侵略斗争史上第一个伟大胜利，这一壮举，维护了民族的尊严和利益，增长了中国人民的斗志。
　　林则徐在广州查鸦片的过程中，意识到英国会发动侵略战争。为了战胜敌人，需要知己知被。他经过多方面分析研究，得出：变敌人的长处为自己的长处，即魏源归纳阐述为的“师夷之长技以制夷”。于是林则徐亲自主持，组织翻译班子，把外国人讲述中国的言论翻译成《华事夷言》，作为当时中国官吏的一种“参考消息”；为了了解外国的军事、政治、经济情报，将英商主办的《广州周报》译成《澳门新闻报》；为了解西方的地理、历史、政治，又组织翻译了英国人慕瑞的《世界地理大全》，编为《四洲志》，这是我国近代第一部比较系统介绍西方地理的书；还翻译瑞士法学家瓦特尔的《国际法》。其中一条规定：“各国有禁止外国货物不准进口的权利。”说明中国禁烟完全合乎《国际法》。在军事方面，着手加强和改善沿海一带防御力量。林则徐专门从外国买来200多门新式大炮配置在海口炮台上。为了改进军事技术，又搜集并组织了大炮瞄准法，战船图书等资料。林则徐敢于学习外国先进科学技术的精神，受到人们高度赞扬，被称为“开眼看世界的第一个人。”虽然林则徐对西方认识比较肤浅，接触西学的目的是出于外交、军事需要，但毕竟开创了中国近代学习和研究西方的风气，对中国近代维新思想起到启蒙作用。
　　英国殖民者不肯放弃罪恶的鸦片贸易，而且蓄谋要用武力侵略中国。林则徐在广东一边禁烟，“边积极备战，修建炮台，拉拦江木排铁链，相信“民心可用”，招募五千多渔民编成水勇，屡败英军的挑衅。在1839年下半年，取得九龙之役、川鼻官涌之役等反击战的胜利。道光帝盲目骄傲，下旨停止英国贸易。于道光十九年十二月初一日(1840年1月5日)，清廷授林则徐任两广总督。鸦片战争爆发后，定海失陷，琦善到广州，与林则徐反其道而行之。在英侵略者威胁利诱下，擅自签定割让香港，赔偿烟价六百万元的《穿鼻草约》。但他却把这一切都归罪于林则徐。
　　林则徐抗英有功，却遭投降派诬陷，被道光帝革职，“从重发往伊犁，效力赎罪。”他忍辱负重，道光二十一年(1841年7月14日)踏上戌途。在赴戌途中，仍忧国忧民，并不为个人的坎坷而唏嘘，当与妻子在古城西安告别时，在满腔愤怒下写了“苟利国家生死以，岂因祸福避趋之”的激励诗句。这是他爱国情感的抒发，也是他性情人格的写照。
　　道光二十一年十一月初九日到新疆。林则徐不顾年高体衰，从伊犁到新疆各地“西域遍行三万里”，实地勘察了南疆八个城，加深了对西北边防重要性的认识。林则徐所译资料中发现沙俄对中国的威胁，促成了他抗英防俄的国防思想，成为近代“防塞论”的先驱。于是他明确向伊犁将军布彦泰提出“屯田耕战”，有备无患。他还领导群众兴修水利，推广坎儿井和纺车，人们为纪念他的业绩，称为“林公井”“林公车”。林则徐根据自己多年在新疆的考察，结合当时沙俄胁迫清廷开放伊犁，指出沙俄威胁的严重性，临终时尚告诫“终为中国患者，其俄罗斯乎!”林则徐的远见卓识，已被后来的历史所证实。
　　道光二十五年(1845年)开始，朝廷重新起用林则徐，调任陕甘总督、陕西巡抚、云贵总督。道光二十五年九月奉召回京候补，十一月以三品顶戴署理陕甘总督。二十六年(1846) 四月，授陕西巡抚，七月初九(8月30日)抵陕上任。这时的陕西，各种社会矛盾十分尖锐：鸦片战争时，清廷为解决军费困难，除调拨陕西征收的盐税外，还强令陕西捐银一百多万两。鸦片战争后给外国侵略者的赔款也摊派到陕西，仅西安府咸宁、长安两县的赔款银，年征收就在二万两以上，相当于上缴正银数的三分之一；加上各地接连发生灾荒，劳苦群众生活异常艰难；渭南、富平、三原、大荔、蒲城等地的“刀客”与当地回民联合起来，反抗官府的斗争此起彼伏。
　　林到任后下令对“刀客”严加镇压，并申明对地方官中镇压得力者将奏请朝廷予以嘉奖；同时，又采取了一系列赈灾措施。一方面，把西安府等地的一百多万石存粮向贫民平粜，对于无力购粮的极贫户与老弱病残者，由官方收养，省城西安即收养极贫百姓三四千人；劝绅商富户出钱出粮救济其所在村寨的贫困户，并令地方官与各地富户收买、质押耕牛，以免影响耕种；另一方面，向清廷连上《被旱各属分别缓征折》《咸宁等十二州县应征粮石展限奏销折》，请求朝廷缓征钱、粮。为从根本上免除灾荒，他筹议兴修关中水利，命陕西督粮道张集馨对《关中胜迹图志》一书加以研究，提出方案。这一计划终因费用太大，未能实现。林通过上述多种办法，使陕西局势得到暂时的稳定，但他却因劳累成疾，只好奏请朝廷准假三个月，开缺医治。
　　道光二十七年(1847)三月，清廷命林则徐为云贵总督。到任后，以维护云南边境安定得力加太子太保，赏戴花翎。二十九年(1849)秋，因病重奏请开缺回乡调治，翌年三月返抵侯官。九月，又被清廷命为钦差大臣，去广西镇压拜上帝会的反清武装起义。他抱病从侯官起程，十月十九日(1850年11月22日)逝于潮州普宁行馆。在报丧奏折到京前，清廷于十月二十四日 (11月27日) 还命他暂署广西巡抚。
　　在任滇都时，他提出整顿云南矿政，鼓励私人开采，提倡商办等主张。这反映出他的思想中包含着萌芽中的资本主义思想。于道光二十九年(1849年)因病辞归。结束了他的政治生涯。道光三十年(1850)清政府为进剿太平军，再任命他为钦差大臣，督理广西军务。在赴任途中，1850年11月22日暴卒于潮州普宁县行馆，终年66岁。死后晋赠太子太傅，照总督例赐恤，历任一切处分悉行开复，谥文忠。