apache|mysql|php5El problema viene por conflictos entre licencias, la nueva versión de PHP está desarrollada bajo BSD mientras que MySQL continúa con GPL (http://www.programo.com/modules.php?name=News&file=article&sid=245).

Para activarlo tienes dos opciones:

1) Si te has bajado los fuentes de PHP debes compilarlo con la opción mysql (--with-mysql).
2) Si lo has instalado con la herramienta apt, edita el archivo /etc/php5/apache2/php.ini y quita el comentario de la línea ;extension=mysql.so

* Tablas de tipo InnoDB.

Si deseamos crear tablas de tipo InnoDB en mysql, debemos editar el archivo
/etc/mysql/my.cnf y comentar la línea : skip-innodb.
Las tablas de tipo InnoDB en MySQL, nos permiten crear claves foráneas con las que podemos relacionar tablas y actualizar y eliminar registros en cascada.

* Register Globals
Si deseas poder crear sesiones en PHP, o bien enviar mediante el método POST valores con formularios debes dar el valor "on" a la variable register_globals.
edita el archivo /etc/php5/apache2/php.ini ---> register_globals = on

Ya puedes ponerte manos a la obra, edita tus páginas en /var/www/ y accede a ellas a través de http://localhost.

Puedes realizar una configuración más completa, de acuerdo a tus necesidades consultando cualquier manual completo de Apache, Mysql o PHP.

Espero que os sirva de ayuda.